Кад се рат завршио, Свети архијерејски синод у Београду дуго није знао какво је стање у Епархији црногорско-приморској, нити је имао вести о митрополиту Јоаникију. О њему се говорило да су га одвели Немци и да је погинуо. Онда се прочуло да су га заробили партизани и одвели у Београд.

Тек 15. августа 1945, из извештаја протојереја Николе Марковића, члана Црквеног суда на Цетињу, сазнало се да се митрополит Јоаникије упутио у избеглиштво. У извештају се наводи да је Цетиње ослобођено 13. новембра 1944, а да је митрополит Јоаникије, са неколико месних свештеника и чиновника Црквеног суда, напустио резиденцију и отпутовао у правцу Подгорице.

На подручју између Подгорице и Скадарског језера био је до краја новембра, ту му се придружило још 70 свештеника, са којима је почетком децембра, преко Санџака, кренуо у правцу Босне. На том путу, у Босни, негде поред реке Требаве, митрополит се састаје са генералом Драгољубом Михаиловићем, са којим разговара о даљем путу војске и народа, пошто је било извесно да ће по коначном ослобођењу земље комунисти преузети власт у држави. Став митрополита био је да треба наставити пут ка Словенији. Тако је и било. Рачуна се да је око 12.000 људи из Црне Горе кренуло на овај пут.

Партизанске јединице су 9. маја 1945. године зауставиле у Словенији колоне које су кренуле да напусте земљу. Дошло је до масовних убистава на Зиданом Мосту, у Кочевском Рогу, Техарју, Похорју, Камнику и по другим местима у околини Марибора. Митрополит Јоаникије је заробљен, и са неколико свештеника, стражарно доведен у Београд. Према неким сведочењима, они су после саслушања одведени у Аранђеловац и тамо убијени.

Професор Светозар Душанић, у календару „Црква“ за 1991. годину, записао је свједочење свог оца:

„Када су партизани ушли у Аранђеловац, они су у вили ‘Милер’ сместили једно одељење Озне. У соби на мансарди те виле они су повремено доводили групе од 30 до 40, углавном младих људи, које би ноћу ликвидирали у потоку под планином Букуљом.

Једног празничног дана, била је недеља, када се мој отац враћао са богослужења из старе цркве под Букуљом, затекао је у дворишту виле ‘Милер’ групу затвореника који су били ‘изведени на ваздух’. Из те групе, мом оцу приступио је један старији господин са белом шиљастом брадом, у грађанском оделу и рекао да је он Јоаникије, митрополит црногорско-приморски.

Између осталог, испричао је мом оцу да је при крају рата кренуо са народом Црне Горе на Запад, из страха од комунистичке освете. Када су стигли у Аустрију, совјетска војска је била пред Бечом, избеглицама из Црне Горе пресекла је одступницу, све их заробила и предала их Титовим партизанима.

После тога, митрполита Јоаникија су одвели у Загреб, ту му одузели све личне ствари, панагију и владичански орнат.

Том приликом, Митрополит је рекао мом оцу да га гони Ђилас…“

Некад високи функционер Душан Чкребић, у својој књизи „Људи и догађаји“, пише како је својевремено имао жељу да поприча са генералом Пеком Дапчевићем (пореклом из свештеничке породице), али да је та његова жеља спласнула када је прочитао текст разговора са ухапшеним митрополитом црногорским Јоаникијем.

Ево како је, у најкраћем, текао разговор Пека Дапчевића и митрополита Јоаникија:

Пеко Дапчевић: „Јеси ли ти Јоаникије Липовац?“

Митрополит Јоаникије: „Ја сам Јоаникије, митрополит црногорско-приморски…“

Пеко Дапчевић: „Немаш право да се тако представљаш! На тој столици седели су велики и заслужни људи, а не издајници као што си ти!“

Митрополит Јоаникије: „Немате право овако да говорите са мном, јер сам из италијанског логора у Албанији ослободио вашу мајку! А и за вашег оца бих се ангажовао, али нисам стигао, јер је он нажалост убрзо умро.“

Пеко Дапчевић: „И то је доказ да си служио окупатору!“

Пошто је пренео овај дијалог, Чкребић записује да је митрополит Јоаникије „стрељан 1945. године у Аранђеловцу и да му се за гроб ни до данас не зна“. А онда на то додаје: „Још једна бесмислена одлука еуфоричног победника, који не размишља о томе да ће кад-тад доћи време када ће се поставити питање: Зашто? И, да ли је морало све тако да буде?“

Радојица-Рака Ивановић, пензионисани мајор УДБЕ, посведочио је, маја 1985. године о страдању и убиству митрополита црногорско-приморског Јоаникија Липовца:⁣ Пред мене су довели измученог човека, лице поднадуло од батина, на бради усирена крв. Једва је стајао. Наредио сам да донесу столицу и воде. Погледао ме је измученим погледом и тихо рекао: „Хвала господине, Бог ће ти вратити.“

Касније, Василије-Чиле Ковачевић, један од водећих људи ОЗНЕ, ме је запитао шта је са Јоаникијем нашта сам му ја одговорио да сам тај случај добио тек јуче и да га проучавам још. Он ми је одговорио: „Слушај ти Шумадинац, сад ћеш да видиш како се то ради.“ Када су довели мученог владику, овај се устремио на њега, почео да га шутира, песничи, бацио га је на под и отпочео да га гази. Владика није јаука пустио него је само говорио: „Боже велики, дај ми снаге да све ово издржим и приђем твом Царству без греха!“ Како се владика онесвестио, ја сам рекао Ковачевићу да нема сврхе да га више туче. Ушао је Јеша (један од чувара) и још један од њих, ухватили су владику за руке и ноге и однели га у ћелију. Ковачевић је попио ракију и рекао: „Ово је само почетак шта га чека и упамтиће се како ми Црногорци кажњавамо издајнике. Неће се он наносити главе“. И отишао је. У међувремену је онај чувар Јеша наставио да га и даље туче и малтретира.⁣⁣ Гледао сам колико сам могао да заштитим Јоаникија од мучења, али ми није то увек полазило за руком.

Мислим да је то било 10. или 11. јуна. Стигао је поново Ковачевић и друг Ђилас. Затражили су да им доведем Јоаникија и у разговору са њим су остали око два сата. Ја сам био у другој канцеларији. Тукли су га, псовали Бога, мајку и ко зна још шта све. Када су изашли из канцеларије, Јоаникије је лежао на поду, лицем окренут надоле. Подигао сам га, позвао чуваре и попрскао га водом. Када је дошао себи, умио се и ја сам наредио да га одведу да легне и да га нико не дира. Два наредна дана нико га није дирао.
⁣⁣
15. јуна, пошто се мало опоравио, Јоаникије ми је рекао да је био бранилац српског народа, да је штитио људе од зла и да су за њега Божје заповести закон. Још ми је рекао: „Знам ја, мој капетане, да жив одавде нећу изаћи и видети моје најближе и Црну Гору, Српску Спарту, зрно слободе“.

18. јуна ујутру, када је Владика Јоаникије доведен код мене, обратио ми се следећим речима: „Видим да је дошао онај Ковачевић из Београда, мислим да знам да ме чека смрт па хоћу нешто да те замолим. Видим да си добар човек, иако си комуниста, па хоћу нешто да те замолим. Молим те да овај мали завежљај када будеш могао пошаљеш мојима у Црну Гору јер ће мене данас убити. Знај да мирно предајем своју душу у руке Богу и Сину Божјем Исусу Христу. Никога нисам издао, руке окаљао, а Бог ми је сведок колико сам људи спасио.“ Не задуго после тога стигао је Ковачевић и рекао ми: „Сад ћеш да ме поведеш мало по околини и до твог Опленца па да касније завршим оно што сам дошао да урадим“. ⁣⁣Сели смо у џип ја, он и још три његова човека и обишли Опленац.

Предвече смо се вратили у Аранђеловац. Његови пратиоци су ушли и извели Владику Јоаникија. На моје питање куда ће Чиле ми је осорно рекао: „Ту у Буковик, подно Букуље где ће му бити добро. Ти гледај своја посла јер се ово тебе не тиче!“ После једно сат времена џип је пројурио. Отишли су ка Београду. Ја сам одмах ујутру отишао пут Буковика и распитао се код мештана шта се те ноћи збило. Рекли су ми, један старији човек мислим да су га звали Миша или некако тако, да је ту од стране једне групе људе доведен човек са брадом, да је било још, три или четири човека, да су побијени и да је у оног са брадом пуцано више пута и ту на брзину затрпани уз поток. Док нису затрпани, било је неколико стражара. Кажу да се онај са брадом крстио и гледао у небо, завршава своје сведочење Радојица-Рака Ивановић.

Митрополит Јоаникије је рођен 16. фебруара 1890. године у Столиву у Боки Которској од родитеља Шпира Липовца и Марије Дамјановић. Његови преци су се почетком 18. вијека доселили у Боку из Цуца.

Основну школу завршио је у Прчњу, класичну гимназију са матуром у Котору, Православни богословски завод у Задру и Филозофски факултет у Београду. У Београду је положио и професорски испит из богословских предмета. Рукоположен је у чин ђакона и чин презвитера дана 8. и 10. новембра 1912. године од епископа бококоторског и дубровачког Владимира Боберића. Од 1912. до 1918. године био је протски капелан у Котору, а потом парох у Ластви.

Од 1919. до 1925. године био је суплент гимназије на Цетињу, нижој женској школи, женској учитељској школи и Цетињској богословији. Био је и хонорарни професор Цетињске богословије. Од 1925. до 1940. године био је професор Прве мушке гимназије у Београду.

За викарног епископа будимљанског изабран је 8. децембра 1939. године. Хиротонисан је за епископа у београдској Саборној цркви дана 11. фебруара 1940. године. Исте године, изабран је за митрополита црногорско-приморског.

Управљао је Црногорско-приморском епархијом за време Другог светског рата. Историјске прилике на простору Митрополије биле су веома сложене, јер се са једне стране нашао окупатор који је је Српску православну цркву сматрао за антиосовински фактор, режим Секуле Дрљевића који је Митрополију доживљавао као просрпски елемент, партизана који су, у зависности од периода, били у мањем или већем сукобу са Митрополијом.

Од стране комуниста, митрополит Јоаникије је оптуживан да је био близак Италијанима, нарочито после посете италијанског краља Виторија Емануела трећег у мају 1941. године када је посетио и Цетињски манастир. Краљ је изразио жељу да присуствује литургији, па је био дочекан од стране Јоаникија лично заједно са свештенством.

Године 1942, митрополит Јоаникије је издао проглас у коме је забранио рад свештеницима који су били у партизанима. У дописима се деловање партизана карактерисало као „комунистички терор“.

Указујући какав је однос комуниста према Цркви и народу и каквом страдању су они изложени, митрополит Јоаникије, 1944. године, у извештају Светом архијерејском синоду пише: „Комунизам је овамо нанио велика зла народу. Љуте ране на нашем националном организму једнако крваре… Црква је жестоко страдала. Седаманест браће наше свештеника убијено је. Цркве, молитвени домови, похарани, многи манастири порушени и попаљени. Свештеници су били присиљени да бјеже испред очигледне опасности и да се склањају у градове, док се мало проведри и они врате својој пастви…“

На заседању Светог архијерејског сабора СПЦ, у мају 2000. године, митрополит Јоаникије проглашен је свештеномучеником, а потом је у Храму Светог Саве у Београду, заједно са још осморицом светих новомученика Српске православне цркве, свечано канонизован.

Извор: Хронограф